A felhasználók jelenleg csak az App Storeból általuk telepített alkalmazásokat távolíthatják el, illetve azokat az appokat, amelyeknek van iOS-es megfelelőjük. Az iPhone-ról történő törlés esetén ugye az órán lévő verziót is eltávolítja a rendszer. A WatchOS 6 viszont lehetőséget ad a gyári, exkluzív alkalmazások törlésére is, mint az ébresztő, az időzítő, stopper, kamera távoli vezérlése, rádió, EKG és társaik. Az Apple Storeban már megtalálhatók ezek a gyári appok, így bármikor újratelepíthetők.

Az új rendszer tehát lehetővé teszi azoknak az appoknak a törlését is az óráról, amelyeknek sosem volt iOS-es verziójuk. A jelenlegi WatchOS 6 bétában ez a funkció egyelőre nem elérhető, de ugyanúgy fog működni, mint a harmadik féltől származó appok törlése. Tehát, ha hímneműek vagyunk, csak nyomjunk rá a Ciklusnaptárra, válasszuk az X-et és máris teremtettünk helyet valaminek, ami számunkra is hasznos.